เนื่องจากสมุนไพรนั้นมีมากมายหลากหลายชนิด อาจมีมากถึง 1,000 ชนิดเลยก็ว่าได้ ซึ่งแต่ละชนิดก็จะให้สรรพคุณที่แตกต่างกันออกไป จึงจำเป็นต้องมีการจำแนกประเภทออกมาเพื่อให้นักวิทยาศาสตร์และผู้ที่ศึกษาเกี่ยวกับสมุนไพรสะดวกต่อการใช้งานและง่ายต่อการจดจำ

ประเภทของสมุนไพรสามารถจำแนกออกได้เป็นหลายอย่าง โดยอาจจำแนกตามลักษณะการใช้งานซึ่งจะได้ออกมาทั้งหมด 6 ประเภทดังนี้ 1. ประเภทน้ำมันหอมระเหย อย่างเช่น ตะไคร้ที่ใช้ในอุตสาหกรรมยาสระผม และสบู่ 2. ประเภทยารับประทาน อย่างเช่น กะเพรา ที่ใช้สำหรับแก้ท้องอืด 3. ประเภทยาสำหรับใช้ภายนอก อย่างเช่น ตำลึงที่ใช้ในการรักษาโรคผิวหนังอย่างงูสวัด 4. ประเภทเครื่องดื่มและยาเสริมอาหาร อย่างเช่น หญ้าหนวดแมว ที่นำมาทำเป็นเครื่องดื่มบำรุงสุขภาพ 5. ประเภทเครื่องอำสาง อย่างเช่น อัญชันหรือว่านหางจระเข้ และประเภทสุดท้าย ประเภทผลิตภัณฑ์ป้องกันกำจัดศัตรูพืช เช่นสะเดา ตะไคร้หอม เป็นต้น และเนื่องจากว่าสมุนไพรนั้นก็ไม่ได้เกิดพืชเพียงอย่างเดียว แต่ยังได้มาจากสัตว์และแร่ธาตุ อย่างเขาสัตว์และกระดูก ที่สามารถนำมาเป็นส่วนผสมในการทำยารักษาอีกด้วย โดยสมุนไพรต่างๆ จำเป็นต้องนำมาแปรรูปอย่าง การอบ คั้น ต้ม เสียก่อน แล้วจึงนำมาใช้งาน
ทำให้สามารถจำแนก พืชสมุนไพรตามลักษณะภายนอกได้ 5 ประเภท ได้แก่ 1. ประเภทต้น เช่นกระดังงา กระถิน 2. ประเภทเถา เช่น มะแวงเครือ 3. ประเภทหัว เช่น ขมิ้น 4. ประเภทผัก เช่น ใบบัวบอก ผักเสี้ยนผี 5. ประเภทหญ้า เช่น กระถืบยอด และยังสามารถจำแนกตามลักษณะภายนอกได้อีกแบบ ได้แก่ ราก, ลำต้น, ใบ, ดอกและผล อีกทั้งนอกจากยังสามารถจำแนกได้ตามวิชา ได้แก่ สมุนไพรแผนปัจจุบันและสมุนไพรแผนโบราณ